サンプルはMac版、修正あれば加筆予定。(確認済Ver:1.0.30〜)
まず本体のダウンロードは公式サイトから。現在は日本語ページが出来て更新履歴も解りやすくなった。
(作者様のブログからリンクして頂いている件について、
こちらは完全に個人用途のメモなので更に詳しいヘルプや参考サイト様はリンク元の記事や公式Twitterを参考にして下さい。
こちらが書いている内容についての質問はフォームから受け付けています)
アルパカ1本で描いてみたサンプルをメインウインドウ画面と共に載せておきます。(クリックで拡大)
自分がよく使う系統のフィルタが使えないから作業出来るのはここまで。
他ソフトと連携すればテクスチャ貼りで多彩な効果が期待できそう。

【レイヤー周り】
■レイヤーの色(カラーと8ビット):

・カラー=RGBのカラーレイヤー。通常はこちらのレイヤーを使う。
・8ビット(bit)=黒〜白以外の色が付かないグレースケールレイヤー。
カラーより若干軽く下書きやコマ割り、色を塗らない漫画向き。
環境設定で編集モードを「プロフェッショナル」にしていないと出てこない。
8bitレイヤーのみで作った場合、Photoshop等の対応ソフトではグレースケール画像として読み込まれる。
レイヤーを2回クリックして「下書きレイヤー」にする事で見た目の色を替えられ、色分けしたり上から清書する作業を楽にできる。

カラーと8bitのレイヤーは1枚の書類に両方混ぜて扱え、後からカラー/8bitへの変換も可能。
初期状態では一番下のレイヤーが透明なので、
人物だけサラっと塗ってpsdやpng画像にすると後ろが透けたりするから
新規作成時に最初のレイヤーを白か好きな色で塗りつぶしておくと良い。
(自分の場合は一番下を白1色にしてPhotoshopで背景レイヤーへ変換させている)
背景を透明のままにしておくと透過部分のチャンネルが保存されるのでそれをマスクとして利用する手もアリ。
■下書きレイヤー:レイヤーパレットからダブルクリックする事で
レイヤー名の変更と共に選択出来る。8bitレイヤーは表示色の変更も可能。
JPGなどレイヤーが保てない画像への変換時にそのレイヤーだけ書き出せない様にする、
選択範囲から外したい時の設定項目。チェックを外せば元のレイヤーに戻る。
■ラスタライズ:全レイヤーを統合。新規で作成されるのでうっかり保存を防げる。
■別名保存:.mdp以外はpng,jpg,bmp,psd(レイヤー、レイヤーのブレンド、クリッピング)に対応。jpgの画質は環境設定で調整してから。
【キャンバス作業】
■スナップ:定規、パースの機能。オフにすると一旦表示が隠れる。

スナップの移動と変形は一番右端の黒い点を押してグレーにする事で出来る様になる。
十字は移動不可、平行や集中も幅までは変えられないみたいなので自由な線を引きたければ消失点を使うのが無難。

■トリミング:キャンバスを切り抜くのに必要。選択ツールで囲んで使用
■キャンバス反転、回転:
「編集」から=反転・回転した状態で保存したい時に
「表示」から=一時的なプレビュー。歪み直すだけならこちら
【描画用ツール】
■ペン、ブラシ、消しゴム:
円形以外のブラシが無いので弄れるのはサイズ、濃度、強さ程度。
ペンから入り抜き無しのマーカーとか鉛筆から圧塗りや水彩用の筆を作っておくと便利。

[ブラシサンプル]

消しゴムはぼけっとした感じで使いたい時は消しゴムツールでは無くペンの消しゴムブラシを。
■ぼかしブラシ(1.0.23以降):既に描いた物をぼかす為のブラシ。
ブラシのリストに無い場合は新規作成で出てくる。ぼかしの値が大きいほどよくぼかせる。


■水彩ブラシ(1.0.28以降):ブラシ欄に無い場合は新規作成する必要がある。
色補充の値が少ないほど下の色と重なりやすい。(混ざりやすさ0+補充100なら完全上塗り)

感触はエアブラシに近い。

■ドットツール:最初からアンチエイリアスの無い線で描ける。指定出来るのは3ピクセルまで。
■選択ツール:投げ縄もここ。「選択範囲→変形」で縮小・拡大・回転などの修正に使える作業ができる。

「選択範囲→選択範囲の描画」を選ぶ事で選択範囲のライン上に線を入れる事が出来る。漫画のコマや枠線、吹き出しに。

■選択ペン、選択消しゴム:選択ツールより細かいマスキング作業に。
閉じると消え、保存がきかないので一時的な機能として。
■グラデーション:扱えるのは1色又は2色、線と円形に対応。
■図形ツール:四角、円、多角形が使える。
四角は「丸める」にチェックを入れてサイズ(20%単位)を選ぶと角丸になる。

【フィルタ処理】
■モザイク、ガウスぼかし:上の「レイヤー」欄にある。部分的にぼかしたい時は選択ツールか選択ペンで。
■レイヤーのクリッピング:下のレイヤーからはみ出さずに塗ったり描いたり出来る便利機能。クリッピングに対応している他ソフトへ持ち込んでも反映される。
[通常]

[クリッピング有]

■レイヤーのブレンド:オーバーレイとスクリーンが途中追加。
個人的には多用するソフトライトが付けば完璧だがオーバーレイの濃度を薄くしてもいけるか。

R86、G255、B34のカラーをサンプルに乗せてみた例。
[サンプル]

[通常]

[乗算]

[加算(覆い焼き)]

[オーバーレイ]

[スクリーン]

ブレンド、ぼかし辺りのツールを使えばキャンバスの色合いを変える事ができる。テクスチャを乗せても良い。

【無いので注意な機能】
・テキスト入力:SAIとかと同じく別ソフトで足す必要がある。
・レイヤーフォルダ:レイヤー数が多く他でフォルダ多用している人は注意。
・テクスチャ、トーン機能:読み込んで配置(コピー&ペースト)又は他ソフトで作業する必要有り。トーンは付く可能性あるかもしれないが現時点ではmdiapp、コミラボ他の上位ソフトを使う方が良い。
・画像のフィルタ:現在ガウスぼかしとモザイクのみ。コントラスト調整は色彩調整とレベル補正で代用可。
・覆い焼き、焼き込み、指先、シャープ:描き手と絵柄によっては必須の人も居るはずなのでこれも必要なら他ソフトで。
・エアブラシのドット化:漫画の点描きみたいなスプレー状の噴射は出来ない。
・ベクター(曲線)ツール、直線ツール:直線はシフトキー押しながら描くかスナップの消失点、選択ツール辺りで代用可能。
アルパカの記事が載っているムック。塗りとか参考にしたい人はこちらも確認してみて下さい。
touch(タッチ) Vol.7【デジ絵の全行程を見る&学ぶ・イラスト上達マガジン】 (100%ムックシリーズ)

FireAlpacaの本が出たようです。コマンドリストなんかも載っていたのでマニュアル代わりの本が欲しい人はぜひ。
FireAlpacaスタートBOOK

こちらは作例の塗り方まで順序通りに載ってるタイプ。(塗りは厚めの水彩など)
ムック本の中では価格も安く内容も分かりやすいので個人的にオススメしたい1冊。
線画/塗り/ブラシをばっちり解説 FireAlpaca公式ガイド

ラベル:FireAlpaca フリーウェア